石红艳主要研究方向为蝙蝠的生理生态及分类、保护生物学。主持过国家自然基金项目1项、世界自然基金1项、四川省教育厅自然基金4项、横向项目多项。参加《中国兽类志兽纲第二卷翼手目》编研。发表论文30余篇。是国内为数不多的专门研究蝙蝠的专家之一。在国内首次利用标记重捕法开展蝙蝠生态研究，并在国内首次揭示了翼手类动物的繁殖、生长发育过程和规律；作为一名女性工作者，长期坚持在野外一线，探索栖息隐蔽的唯一能飞的神秘兽类—蝙蝠的生理生态，并积极将研究成果和专业知识融入到地方生态建设与保护及生态环境教育中，成果已融入到主编的教材——《动物学野外实习手册》中。得到国内同行的高度认可。中央电视台科教频道于2010年7月11日对石红艳个人研究工作作过题为“蝙蝠女侠”的专题报道。
代表论文：（*表示通讯作者）
(1) Hao Liu，Yujie Ran， Hongyan Shi*，Xiaodong Jia. Lin Zhao. 2015.Isolation and characterization of 18microsatellite loci in the Chinese Noctule bat, Nyctalus plancyi. Conservation Genetics Resources , 7（1）： 295-297.
(2) Lichun Jiang，Rendan Meng，Hao Liu，Zhangqiang You，Ling Zhao，Xiaodong Jia，Hongyan Shi*. 2018 . Complete mitochondrial genomeof Chinese Noctule bat, Nyctalus plancyi(Microchiroptera: Vespertilionidae). Conservation Genet Resour (1)：1-4.
(3)石红艳，;竹中真由美;堀内俊孝. 小鼠囊胚的细胞凋亡：体内发育与体外发育的比较(英文). 动物学报, 2005, 51(6):1151-1155.
(4)刘昊，石红艳*，刘洪玲，唐中海，王静.2015. 中华山蝠翼的形态学发育模式. 兽类学报，35(3):271-279.
(5)石红艳，刘昊，吴毅，胡锦矗. 2008. 中华山蝠的生长发育与年龄估算. 兽类学报, 28 (1):112 -119.
(6)石红艳，吴毅，胡锦矗, 李艳红. 2001. 中华山蝠繁殖生态的研究. 兽类学报， 21（3）：210-215.
(7) 石红艳，吴毅*，胡锦矗.2003. 中华山蝠的昼夜活动节律与光照等环境因子的关系. 动物学杂志，38（5）：25-30。
(8) 石红艳，刘昊，吴毅, 胡锦矗. 2010.中华山蝠牙齿的脱换模式.动物学杂志，45（1）：125-129.
(9) 石红艳，刘昊，吴毅, 刘志刚. 2006. 绵阳洞栖蝙蝠多样性及受胁现状. 四川动物，25（1）:128-131.
主要科研项目：
国家自然基金: 中华山蝠的婚配制度及其对环境的适应机制(31200311),2013-2015.
四川省教育厅科研创新团队项目：四川翼手类动物多样性及保护（18TD0037），2018-2020.
四川省教育厅重点项目：中华山蝠声波的个体发生学与母婴交流研究（112A164），2011-2013.
四川省教育厅青年基金：中国鼠耳蝠属蝙蝠的分类研究（2006B083）,2006-2008.
世界自然基金：绵阳地区旅游业发展中洞栖性蝙蝠的受胁现状及保护（CN0861.01-SM01）,2005.
四川省教育厅自然基金: 四川盆地岷山东南麓翼手类生态研究（2002B28）2002.
横向合作科研项目：
绵阳市林业局：绵阳市三江湖国家湿地公园2016年冬季水鸟监测，2016-2017.
四川省林业勘察设计院：射洪中华涪江湿地走廊自然保护区本底调查，2017-2019.
主编教材：动物学野外实习手册，科学出版社，2016.
